Dans le contexte de la transition agroécologique, il devient urgent de développer des stratégies nouvelles permettant d’assurer une gestion efficace et durable de la pression parasitaire, tout en préservant l’environnement. L’utilisation du microbiome, et particulièrement des communautés de champignons et de bactéries non pathogènes qui le composent, représente une de ces solutions alternatives. S’il a été clairement démontré que tout ou partie de ces communautés microbiennes étaient capables de stimuler la croissance des plantes et/ou d’améliorer leurs réponses à des stress biotiques ou abiotiques, les interactions entre la structure et le fonctionnement du microbiome et sa capacité à réguler les maladies des plantes restent encore largement méconnus. Ceci est encore plus vrai si l’on se place à l’échelle de la parcelle agricole. Ainsi, l’utilisation des services rendus par le microbiome en agriculture, en particulier le microbiome du sol, passe par une meilleure compréhension des aspects fonctionnels et mécanistiques des interactions entre le microbiome, les plantes, l'environnement et les pratiques agricoles.

L’ambition de ce projet de Thèse est de comprendre quels sont les facteurs influençant la structure et le fonctionnement du microbiome pour la régulation des maladies du blé, et en particulier d’analyser l’impact des conditions pédoclimatique et des pratiques agricoles. Pour cela, un réseau d’une 30aine de parcelles chez des agriculteurs en Limagne sera mobilisé. Les pratiques agricoles, les analyses de sol ainsi que des analyses de microbiome du sol par séquençage sont les données qui seront récoltées. Une pratique pourra être identifiée comme impactant fortement la composition du microbiome. Il sera alors choisi de tester cette pratique en conditions semi-contrôlées. Une attention particulière sera portée à l’effet de la variété. Les enjeux scientifiques auxquels souhaite répondre ce projet sont : l’amélioration des connaissances agronomiques en termes de pratiques influençant le microbiome du sol dans la perspective d’une meilleure régulation des maladies des cultures, l’évaluation de l’impact du microbiome sur la régulation de maladies foliaires du blé, et d’un point de vue méthodologique, permettre la mise en place, chez des agriculteurs, d’un protocole d’expérimentation basé sur des systèmes réels et complexes dans la perspective de faciliter le transfert et l’appropriation des connaissances.

L’enjeu socio-économique principal est d’accompagner la transition agroécologique et la santé globale en proposant de nouveaux repères agronomiques dans la conduite des cultures pour la régulation des maladies.