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Le Centre d’excellence des Ruminants, dont l’équipe est hébergée au sein de MEDiS, se consacre à la recherche sur les écosystèmes microbiens des ruminants et au développement de produits à base de microorganismes vivants ou leurs dérivés et d’applications pour les bovins viande, les vaches laitières et les petits ruminants. Les recherches menées couvrent tous les aspects du microbiote du rumen et de l’intestin – de son établissement et sa dynamique temporelle, jusqu’à sa fonction et ses interactions avec les aliments, avec d'autres microorganismes parmi lesquels des pathogènes, et avec l'animal hôte. Plus récemment, l'équipe s'est également intéressée à l'espèce porcine, avec le développement, grâce à l'expertise MEDiS, d'un modèle in vitro stimulant les fermentations microbiennes du colon du porcelet au sevrage (thèse CIFRE Raphaële GRESSE).

Les méthodologies mises en place sont celles développées au sein de MEDiS (microbiologie, biochimie, biologie moléculaire, omiques) et également une biopuce ADN fonctionnelle spécifiquement mise au point dans le cadre du contrat de recherche Lallemand-MEDIS, ciblant des gènes microbiens impliqués dans la dégradation des fibres chez le ruminant (Thèse CIFRE et contrat post doctoral S. Comtet). Différents types de modèles in vitro (cultures microbiennes en anaérobiose stricte, systèmes batch d’incubation de jus de rumen, modèles de fermentation colique du porcelet) et in vivo (bovins ou ovins – collaboration avec Herbipôle, rongeurs gnotobiotiques) sont aussi utilisés dans le cadre de ces travaux. La valorisation des travaux se fait par le biais de publications scientifiques, de communications à des congrès, ou par le dépôt de brevets conjoints.